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# slurm
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## 基本概念
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队列系统换成了 slurm。这是个正经的队列系统（不像之前那样是临时手搓的），可靠性应该会好很多。
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学校的 hpc 上用的是 PBS，和这个不一样，但很多概念是相通的，例如队列、节点等（当然这里只有一个队列和一个节点）。
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这里简单记录一下如何使用。更多内容，网上随便搜一下 slurm 的教程就可以找到很多介绍，也可以看官网文档。
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先说明一下机器的硬件配置：CPU 有 16 个核，每个核 2 线程，也就是总共 32 个线程。
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slurm 限制 CPU 按照核（而不是线程）分配，
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提交任务时， `sbatch` 命令中的 `cpu` 或者 `core` （它俩是同义词）都是指核的数量而不是线程数
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（也就是说，实际运行的线程数要再乘以 2）。
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VASP 支持两个层面的并行，一个叫 MPI，一个叫 OpenMP，实际运行的线程数是两者的乘积。
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MPI 并行的数量就是提交任务时指定的 task 的数量，
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OpenMP 并行的数量等于提交任务时指定的分配给每个 task 的 CPU 的数量再乘以 2，
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也就是最终的线程数等于指定的 CPU 数量乘以 2。
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此外还有一个限制：当使用 GPU 时，MPI 并行的数量必须等于 GPU 的数量，否则 VASP 会在开头报个警告然后只用 CPU 计算（但不会报错）。
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## 常用命令
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提交一个 VASP GPU 任务的例子：
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```bash
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sbatch --gpus=1 --ntasks-per-gpu=1 --job-name="my great job" vasp-nvidia-6.4.0 mpirun vasp-std
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```
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* `--gpus=1` 指定使用一个 GPU（排到这个任务时哪个空闲就使用哪个）。
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可以指定具体使用哪个GPU，例如 `--gpus=4090:1`。
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可以简写为 `-G`。
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这个选项实际上是 `--gres` 选项的一种简便写法，当需求更复杂时（例如，指定使用一个 3090 和一个 4090）时，就需要用 `--gres`。
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例如：`--gres=gpu:3090:1,gpu:4090:1`。
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“gre” 是 “generic resource” 的缩写。
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* `--ntasks-per-gpu=1` 是一定要写的。
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* `--job-name=` 指定任务的名字。可以简写为 `-J`。也可以不指定。
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* 默认情况下，一个 task 会搭配分配一个 CPU 核（两个线程），一般不用修改。如果一定要修改，用 `--cpus-per-task`。
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提交一个 VASP CPU 任务的例子：
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```bash
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sbatch --ntasks=2 --cpus-per-task=2 --job-name="my great job" vasp-gnu-6.4.0 mpirun vasp-std
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```
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* `--ntasks=2` 指定在 MPI 层面上并行的数量。
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可以简写为 `-n`。
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* `--cpus-per-task=2` 指定每个 task 使用的 CPU 核的数量，OpenMP 并行的数量等于这个数再乘以 2。
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要列出已经提交（包括已经完成、取消、失败）的任务：
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```bash
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squeue -t all -l
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```
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取消一个任务：
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```bash
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# 按任务的 id 取消
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scancel 114514
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# 按任务的名字取消
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scancel -n my_great_job
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# 取消一个用户的所有任务
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scancel -u chn
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```
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要将自己已经提交的一个任务优先级提到最高（只是自己已经提交任务的最高，不影响别人的任务）：
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```bash
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scontrol top job_id
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```
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## sbatch 的更多参数
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```bash
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# 提交一个新任务，但是礼让后面的任务（推迟到指定时间再开始排队）
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--begin=16:00 --begin=now+1hour
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# 指定工作目录
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--chdir=/path/to/your/workdir
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# 指定备注
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--comment="my great job"
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# 指定任务的 ddl，算不完就杀掉
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--deadline=now+1hour
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# 标准错误输出写到别的文件里
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--error=error.log
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# 将一些环境变量传递给任务（=ALL是默认行为）
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--export=ALL,MY_ENV_VAR=my_value
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# 不传递现在的环境变量
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--export=NONE
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# 打开一个文件作为标准输入
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--input=
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# 发生一些事件（任务完成等）时发邮件
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--mail-type=NONE,BEGIN,END,FAIL,REQUEUE,ALL --mail-user=chn@chn.moe
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# 要求分配内存（不会真的限制内存使用，只是在分配资源时会考虑）
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--mem=20G --mem-per-cpu --mem-per-gpu
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# 输出文件是否覆盖
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--open-mode={append|truncate}
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# 指定输出文件
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-o, --output=<filename_pattern>
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# 不排队，直接跑（超额分配）
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-s, --oversubscribe
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# 包裹一个二进制程序
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--wrap=
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```
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# ssh
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ssh 就是 putty winscp 之类的工具使用的那个协议。
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* 地址：office.chn.moe（如果在校外，需要厦大 VPN）
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* 端口：6007
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* 用户名：自己名字的拼音首字母
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* 可以用密码登陆，也可以用证书登陆。
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要从本机登陆到学校 hpc 的 jykang 账户，使用下面的命令：
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```bash
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ssh jykang
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```
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# rdp
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就是 windows 那个远程桌面。
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* 地址：xmupc1.chn.moe（如果在校外，需要厦大 VPN）
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* 用户名：自己名字的拼音首字母
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* 密码和 ssh 一样。 |