95 lines
4.7 KiB
Markdown
95 lines
4.7 KiB
Markdown
---
|
||
weight: 5
|
||
title: "Q & A"
|
||
---
|
||
|
||
## 使用 SSH X11 forwarding
|
||
|
||
远程桌面非常笨重。在 Linux 系统上连接到 Linux 服务器时，可以使用 SSH X11 forwarding 代替之：
|
||
|
||
```bash
|
||
ssh chn@srv1.chn.moe -X -Y
|
||
```
|
||
|
||
之后在服务器上运行图形化程序时，就会在本地显示，就像在本地运行那样，只不过有明显的延迟。例如：
|
||
|
||
```bash
|
||
ovito POSCAR
|
||
```
|
||
|
||
## RDP 设置连接类型
|
||
|
||
连接到 Linux 远程桌面时，需要手动设置连接类型为“LAN”，不然会很卡，我也不知道为什么。似乎是 xrdp 的 bug。
|
||
|
||
|
||
<img src="rdp2.png" style="zoom: 50%;" />
|
||
|
||
## 混合使用不同型号的节点
|
||
|
||
不建议这样做，如果你非要这样做再往下看。
|
||
|
||
计算软件（例如 VASP）在编译时需要针对不同的硬件进行优化得到不同的二进制程序，以此发挥硬件的最大性能。
|
||
也就是说，针对不同型号的 CPU 优化的 VASP 其实并不是同一个程序，运行过程中 CPU 收到的指令也不相同。
|
||
大多情况下，越新的 CPU 支持的指令集越多，
|
||
针对新 CPU 优化的程序在旧 CPU 上不能运行（因为旧 CPU 看不懂这些新指令），针对旧 CPU 优化的程序在新 CPU 上运行效率不高。
|
||
|
||
以下面提交任务的命令为例：
|
||
```bash
|
||
sbatch --ntasks=64 --cpus-per-task=1 --export=ALL,OMP_NUM_THREADS=1 --wrap="vasp-intel srun --mpi=pmix vasp-std"
|
||
```
|
||
任务会在某一个节点上先启动、再与其它节点通信并在其它节点上启动；具体启动哪一个 VASP，取决于最先启动的那个节点[^1]。
|
||
例如，你可以使用下面的命令查看当前节点上最终会启动哪一个 VASP：
|
||
```bash
|
||
vasp-intel which vasp-std
|
||
```
|
||
|
||
要跨不同型号的节点使用 VASP，可以按照以下步骤操作：
|
||
1. 准备一个优化得足够“弱”的 VASP，可以在所有节点上运行。对于 srv1，可以使用 `srv1-node1` 上的 VASP，使用下面的命令计算它的路径：
|
||
```bash
|
||
echo $(nix eval --raw nixos#nixosConfigurations.srv1-node1.pkgs.localPackages.vasp.intel)/bin/vasp-intel
|
||
```
|
||
现在的计算结果是 `/nix/store/xlxz74mppn76iwk2y2njh7gjncwsx7r8-vasp-intel/bin/vasp-intel`。
|
||
随着更新，将来的路径会发生变化。
|
||
2. 使用这个 VASP 提交任务，例如：
|
||
```bash
|
||
sbatch -n64 --cpus-per-task=1 --export=ALL,OMP_NUM_THREADS=1 -pall --wrap="/nix/store/xlxz74mppn76iwk2y2njh7gjncwsx7r8-vasp-intel/bin/vasp-intel srun --mpi=pmix vasp-std"
|
||
```
|
||
|
||
对于其它的计算软件，不一定能这样做。因为还有别的针对 CPU 优化的方案（例如，编译多个版本的二进制库，在运行时动态检测 CPU 型号并加载最合适的版本）。
|
||
|
||
并行使用不同型号的 CPU 时，队列系统或 MPI 往往并不会根据型号平衡各个 CPU 的负载，也就是算得快的 CPU 会等着算得慢的 CPU。
|
||
|
||
## BtrFS 是什么
|
||
|
||
它是一个比较现代的文件系统。相比于常用的其它文件系统（例如 Windows 的 NTFS），它的好处有：
|
||
|
||
* 同样的内容只占用一份空间；以及内容会被压缩存储，在读取时自动解压。这样大致可以节省一多半的空间。
|
||
* 每小时自动备份，放置在 `/nix/persistent/.snapshots` 中，大致上会保留最近一周的备份。如果你误删了什么文件，可以去里面找回。
|
||
|
||
## 查看文件或文件夹的大小
|
||
|
||
Windows 下不用教。Linux 下分两种情况：
|
||
|
||
* 对于厦大超算（jykang），使用 `du -ah --max-depth=0 文件或目录名`。
|
||
* 对于其它服务器（使用了 BtrFS）：由于压缩和 CoW，实际占用空间会小于大小，因此 `du` 得到的结果不准确。
|
||
使用 `compize 文件或目录名` 命令。
|
||
得到的结果中，`TOTAL` 行 `Disk Usage` 列为实际占用的空间，`TOTAL` 行 `Referenced` 列为文件或文件夹的大小。
|
||
|
||
## 查看硬盘剩余空间
|
||
|
||
Windows 下不用教。Linux 下分两种情况：
|
||
|
||
* 对于厦大超算（jykang）:硬盘空间实际上是比较大的，紧张的是 `jykang` 这个用户的限额（quota）。
|
||
似乎没有 root 权限没法看。按照经验大概是 800 G 多一点。
|
||
如果你知道怎样不用 root 用户看，请务必教教我。
|
||
* 对于其它服务器：`df -h`。
|
||
|
||
## 自动启动 Pageant 并添加密钥
|
||
|
||
待补充。
|
||
|
||
[^1]: MPI 是按照绝对路径来搜索可执行文件的。
|
||
NixOS 的特性导致不同参数编译的 VASP 会被放在不同的目录下，因此会在其它节点上启动与最先启动的节点相同、但不是针对这些节点优化的 VASP。
|
||
如果通过一些手段将不同参数编译的 VASP 放在同一个位置，它们是否能正常通信，我觉得应该是可以的。
|
||
但我觉得这样做意义不大，因为算得快的 CPU 还是需要等着算得慢的 CPU。
|