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统一 QPoint 为 Qpoint
fold 不再需要输入 PrimativeCell
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陈浩南
2023-10-07 15:03:56 +08:00
parent e60054579e
commit f74258e8fc
11 changed files with 166 additions and 95 deletions
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12
include/ufo/fold.hpp
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@@ -8,7 +8,6 @@ namespace ufo
public:
struct InputType
{
Eigen::Matrix3d PrimativeCell;
Eigen::Vector<unsigned, 3> SuperCellMultiplier;
std::optional<Eigen::Matrix<double, 3, 3>> SuperCellDeformation;
std::vector<Eigen::Vector3d> Qpoints;
@@ -18,7 +17,7 @@ namespace ufo
};
struct OutputType
{
std::vector<Eigen::Vector3d> QPoints;
std::vector<Eigen::Vector3d> Qpoints;
void write(std::string filename) const;
};
protected:
@@ -27,7 +26,12 @@ namespace ufo
public:
FoldSolver(std::string config_file);
FoldSolver& operator()() override;
static Eigen::Vector3d fold(Eigen::Vector3d qpoint, Eigen::Vector<unsigned, 3> super_cell_multiplier,
std::optional<Eigen::Matrix<double, 3, 3>> super_cell_deformation);
// return value: QpointInReciprocalSuperCellByReciprocalSuperCell
static Eigen::Vector3d fold
(
Eigen::Vector3d qpoint_in_reciprocal_primitive_cell_by_reciprocal_primitive_cell,
Eigen::Vector<unsigned, 3> super_cell_multiplier,
std::optional<Eigen::Matrix<double, 3, 3>> super_cell_deformation
);
};
}

6
include/ufo/plot.hpp
View File

@@ -36,17 +36,17 @@ namespace ufo
PlotSolver& operator()() override;
// 根据 q 点路径, 搜索要使用的 q 点
static std::vector<std::reference_wrapper<const UnfoldSolver::OutputType::QPointDataType>> search_qpoints
static std::vector<std::reference_wrapper<const UnfoldSolver::OutputType::QpointDataType>> search_qpoints
(
const std::pair<Eigen::Vector3d, Eigen::Vector3d>& path,
const decltype(InputType::SourceType::QPointData)& available_qpoints,
const decltype(InputType::SourceType::QpointData)& available_qpoints,
double threshold, bool exclude_endpoint = false
);
// 根据搜索到的 q 点, 计算每个点的数值
static std::vector<std::vector<double>> calculate_values
(
const std::vector<std::pair<Eigen::Vector3d, Eigen::Vector3d>>& path,
const std::vector<std::vector<std::reference_wrapper<const UnfoldSolver::OutputType::QPointDataType>>>& qpoints,
const std::vector<std::vector<std::reference_wrapper<const UnfoldSolver::OutputType::QpointDataType>>>& qpoints,
const decltype(InputType::FigureConfigType::Resolution)& resolution,
const decltype(InputType::FigureConfigType::Range)& range
);

26
include/ufo/unfold.hpp
View File

@@ -41,16 +41,16 @@ namespace ufo
// 从哪个文件读入 AtomPosition, 以及这个文件的格式, 格式可选值包括 "yaml"
InputOutputFile AtomPositionInputFile;
// 从哪个文件读入 QPointData, 以及这个文件的格式, 格式可选值包括 "yaml" 和 "hdf5"
InputOutputFile QPointDataInputFile;
// 从哪个文件读入 QpointData, 以及这个文件的格式, 格式可选值包括 "yaml" 和 "hdf5"
InputOutputFile QpointDataInputFile;
// 超胞中原子的坐标，每行表示一个原子的坐标，单位为埃
Eigen::MatrixX3d AtomPosition;
// 关于各个 Q 点的数据
struct QPointDataType
struct QpointDataType
{
// Q 点的坐标，单位为超胞的倒格矢
Eigen::Vector3d QPoint;
Eigen::Vector3d Qpoint;
// 关于这个 Q 点上各个模式的数据
struct ModeDataType
@@ -65,14 +65,14 @@ namespace ufo
};
std::vector<ModeDataType> ModeData;
};
std::vector<QPointDataType> QPointData;
std::vector<QpointDataType> QpointData;
// 输出到哪些文件, 以及使用怎样的格式, 格式可选值包括:
// yaml: 使用 yaml 格式输出
// yaml-human-readable: 使用 yaml 格式输出, 但是输出的结果更适合人类阅读,
// 包括合并相近的模式, 去除权重过小的模式, 限制输出的小数位数.
// zpp: 使用 zpp-bits 序列化, 可以直接被 plot.cpp 读取
std::vector<InputOutputFile> QPointDataOutputFile;
std::vector<InputOutputFile> QpointDataOutputFile;
// 从文件中读取输入 (包括一个较小的配置文件, 和一个 hdf5 或者一个 yaml 文件), 文件中应当包含:
// 单胞的格矢: PrimativeCell 单位为埃 直接从 phonopy 的输出中复制
@@ -90,10 +90,10 @@ namespace ufo
struct OutputType
{
// 关于各个 Q 点的数据
struct QPointDataType
struct QpointDataType
{
// Q 点的坐标，单位为单胞的倒格矢
Eigen::Vector3d QPoint;
Eigen::Vector3d Qpoint;
// 来源于哪个 Q 点, 单位为超胞的倒格矢
Eigen::Vector3d Source;
@@ -109,9 +109,9 @@ namespace ufo
};
std::vector<ModeDataType> ModeData;
};
std::vector<QPointDataType> QPointData;
std::vector<QpointDataType> QpointData;
void write(decltype(InputType::QPointDataOutputFile) output_files) const;
void write(decltype(InputType::QpointDataOutputFile) output_files) const;
void write(std::string filename, std::string format, unsigned percision = 10) const;
using serialize = zpp::bits::members<1>;
@@ -153,7 +153,7 @@ namespace ufo
(
const BasisType& basis,
const std::vector<std::reference_wrapper<const decltype
(InputType::QPointDataType::ModeDataType::AtomMovement)>>& mode_data,
(InputType::QpointDataType::ModeDataType::AtomMovement)>>& mode_data,
std::atomic<unsigned>& number_of_finished_modes
);
@@ -162,9 +162,9 @@ namespace ufo
const decltype(InputType::SuperCellMultiplier)& super_cell_multiplier,
const decltype(InputType::SuperCellDeformation)& super_cell_deformation,
const std::vector<std::reference_wrapper<const decltype
(InputType::QPointDataType::QPoint)>>& qpoint,
(InputType::QpointDataType::Qpoint)>>& qpoint,
const std::vector<std::vector<std::reference_wrapper<const decltype
(InputType::QPointDataType::ModeDataType::Frequency)>>>& frequency,
(InputType::QpointDataType::ModeDataType::Frequency)>>>& frequency,
const ProjectionCoefficientType_& projection_coefficient
);
};