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slurm
基本概念
队列系统换成了 slurm。这是个正经的队列系统(不像之前那样是临时手搓的),可靠性应该会好很多。 学校的 hpc 上用的是 PBS,和这个不一样,但很多概念是相通的,例如队列、节点等(当然这里只有一个队列和一个节点)。 这里简单记录一下如何使用。更多内容,网上随便搜一下 slurm 的教程就可以找到很多介绍,也可以看官网文档。
先说明一下机器的硬件配置:CPU 有 16 个核,每个核 2 线程,也就是总共 32 个线程。
slurm 限制 CPU 按照核(而不是线程)分配,
提交任务时, sbatch
命令中的 cpu
或者 core
(它俩是同义词)都是指核的数量而不是线程数
(也就是说,实际运行的线程数要再乘以 2)。
VASP 支持两个层面的并行,一个叫 MPI,一个叫 OpenMP,实际运行的线程数是两者的乘积。 MPI 并行的数量就是提交任务时指定的 task 的数量, OpenMP 并行的数量等于提交任务时指定的分配给每个 task 的 CPU 的数量再乘以 2, 也就是最终的线程数等于指定的 CPU 数量乘以 2。 此外还有一个限制:当使用 GPU 时,MPI 并行的数量必须等于 GPU 的数量,否则 VASP 会在开头报个警告然后只用 CPU 计算(但不会报错)。
常用命令
提交一个 VASP GPU 任务的例子:
sbatch --gpus=1 --ntasks-per-gpu=1 --job-name="my great job" vasp-nvidia-6.4.0 mpirun vasp-std
--gpus=1
指定使用一个 GPU(排到这个任务时哪个空闲就使用哪个)。 可以指定具体使用哪个GPU,例如--gpus=4090:1
。 可以简写为-G
。 这个选项实际上是--gres
选项的一种简便写法,当需求更复杂时(例如,指定使用一个 3090 和一个 4090)时,就需要用--gres
。 例如:--gres=gpu:3090:1,gpu:4090:1
。 “gre” 是 “generic resource” 的缩写。--ntasks-per-gpu=1
是一定要写的。--job-name=
指定任务的名字。可以简写为-J
。也可以不指定。- 默认情况下,一个 task 会搭配分配一个 CPU 核(两个线程),一般不用修改。如果一定要修改,用
--cpus-per-task
。
提交一个 VASP CPU 任务的例子:
sbatch --ntasks=2 --cpus-per-task=2 --job-name="my great job" vasp-gnu-6.4.0 mpirun vasp-std
--ntasks=2
指定在 MPI 层面上并行的数量。 可以简写为-n
。--cpus-per-task=2
指定每个 task 使用的 CPU 核的数量,OpenMP 并行的数量等于这个数再乘以 2。
要列出已经提交(包括已经完成、取消、失败)的任务:
squeue -t all -l
取消一个任务:
# 按任务的 id 取消
scancel 114514
# 按任务的名字取消
scancel -n my_great_job
# 取消一个用户的所有任务
scancel -u chn
要将自己已经提交的一个任务优先级提到最高(只是自己已经提交任务的最高,不影响别人的任务):
scontrol top job_id
sbatch 的更多参数
# 提交一个新任务,但是礼让后面的任务(推迟到指定时间再开始排队)
--begin=16:00 --begin=now+1hour
# 指定工作目录
--chdir=/path/to/your/workdir
# 指定备注
--comment="my great job"
# 指定任务的 ddl,算不完就杀掉
--deadline=now+1hour
# 标准错误输出写到别的文件里
--error=error.log
# 将一些环境变量传递给任务(=ALL是默认行为)
--export=ALL,MY_ENV_VAR=my_value
# 不传递现在的环境变量
--export=NONE
# 打开一个文件作为标准输入
--input=
# 发生一些事件(任务完成等)时发邮件
--mail-type=NONE,BEGIN,END,FAIL,REQUEUE,ALL --mail-user=chn@chn.moe
# 要求分配内存(不会真的限制内存使用,只是在分配资源时会考虑)
--mem=20G --mem-per-cpu --mem-per-gpu
# 输出文件是否覆盖
--open-mode={append|truncate}
# 指定输出文件
-o, --output=<filename_pattern>
# 不排队,直接跑(超额分配)
-s, --oversubscribe
# 包裹一个二进制程序
--wrap=
ssh
ssh 就是 putty winscp 之类的工具使用的那个协议。
- 地址:office.chn.moe(如果在校外,需要厦大 VPN)
- 端口:6007
- 用户名:自己名字的拼音首字母
- 可以用密码登陆,也可以用证书登陆。
要从本机登陆到学校 hpc 的 jykang 账户,使用下面的命令:
ssh jykang
rdp
就是 windows 那个远程桌面。
- 地址:xmupc1.chn.moe(如果在校外,需要厦大 VPN)
- 用户名:自己名字的拼音首字母
- 密码和 ssh 一样。