localPackages.vasp: fix

devices/xmupc1/README.md

@@ -14,17 +14,15 @@
 ## 基本概念
 
 队列系统使用 slurm。这是个在集群上广泛使用的队列系统，可靠性应该会比之前好很多。
-学校的 hpc 上用的是 PBS，和这个不一样，但很多概念是相通的，例如队列、节点等（当然这里只有一个队列和一个节点）。
+学校的 hpc 上用的是 LFS，和这个不一样，但很多概念是相通的，例如队列、节点等（当然这里只有一个队列和一个节点）。
 这里只简单记录一下如何使用。更多内容，网上随便搜一下 slurm 的教程就可以找到很多介绍，也可以看官网文档。
 
-slurm 限制 CPU 按照核（而不是线程）分配，
-  提交任务时， `sbatch` 命令中的 `cpu` 或者 `core` （它俩是同义词）都是指核的数量而不是线程数
-  （也就是说，实际运行的线程数要再乘以 2）。
+提交任务时， `sbatch` 命令中的 `cpu` 或者 `core` （它俩是同义词）都是指虚拟的 CPU 核数，也就是实际执行时的线程数。
 
 一些软件（例如 VASP）支持两个层面的并行，一个叫 MPI，一个叫 OpenMP，实际运行的线程数是两者的乘积。
 MPI 并行的数量就是提交任务时指定的 task 的数量，
-  OpenMP 并行的数量等于提交任务时指定的分配给每个 task 的 CPU 的数量再乘以 2，
-  也就是最终的线程数等于指定的 CPU 数量乘以 2。
+  OpenMP 并行的数量就是提交任务时指定的分配给每个 task 的 CPU 的数量，
+  最终的线程数等于两者的乘积。
 此外对于 VASP 还有一个限制：当使用 GPU 时，MPI 并行的数量必须等于 GPU 的数量，否则 VASP 会在开头报个警告然后只用 CPU 计算（但不会报错）。
 其它大多使用 MPI 并行的软件没有这个限制。
 
@@ -44,7 +42,7 @@ sbatch --gpus=1 --ntasks-per-gpu=1 --job-name="my great job" vasp-nvidia-6.4.0 m
   “gre” 是 “generic resource” 的缩写。
 * `--ntasks-per-gpu=1` 是一定要写的。
 * `--job-name=` 指定任务的名字。可以简写为 `-J`。也可以不指定。
-* 默认情况下，一个 task 会搭配分配一个 CPU 核（两个线程），一般不用修改。如果一定要修改，用 `--cpus-per-task`。
+* 默认情况下，一个 task 会搭配分配一个 CPU 核（一个线程），一般已经够用，不用修改。如果一定要修改，用 `--cpus-per-task`。
 
 提交一个 VASP CPU 任务的例子：
 
@@ -55,7 +53,7 @@ sbatch --ntasks=2 --cpus-per-task=2 --job-name="my great job" vasp-intel-6.4.0 s
 
 * `--ntasks=2` 指定在 MPI 层面上并行的数量。
   可以简写为 `-n`。
-* `--cpus-per-task=2` 指定每个 task 使用的 CPU 核的数量，OpenMP 并行的数量等于这个数再乘以 2。
+* `--cpus-per-task=2` 指定每个 task 使用的 CPU 核的数量，也就是 OpenMP 并行的数量。
 
 要把其它程序提交到队列里，也是类似的写法。请自行举一反三。
 

local/pkgs/vasp/gnu/default.nix

@@ -37,10 +37,10 @@ let
     runtimeInputs = [ (vasp version) ];
     text =
     ''
-      if [ -n "''${SLURM_CPUS_PER_TASK-}" ] && [ -n "''${SLURM_THREADS_PER_CPU-}" ]; then
-        export OMP_NUM_THREADS=$(( SLURM_CPUS_PER_TASK * SLURM_THREADS_PER_CPU ))
+      # if SLURM_CPUS_PER_TASK is set, use it to set OMP_NUM_THREADS
+      if [ -n "''${SLURM_CPUS_PER_TASK-}" ]; then
+        export OMP_NUM_THREADS=$SLURM_CPUS_PER_TASK
       fi
-      export PATH=$PATH:$PWD
       exec "$@"
     '';
   };

local/pkgs/vasp/intel/default.nix

@@ -55,9 +55,9 @@ let
     module load tbb compiler-rt oclfpga # dependencies
     module load mpi mkl compiler
 
-    # if SLURM_CPUS_PER_TASK and SLURM_THREADS_PER_CPU are set, use them to set OMP_NUM_THREADS
-    if [ -n "''${SLURM_CPUS_PER_TASK-}" ] && [ -n "''${SLURM_THREADS_PER_CPU-}" ]; then
-      export OMP_NUM_THREADS=$(( SLURM_CPUS_PER_TASK * SLURM_THREADS_PER_CPU ))
+    # if SLURM_CPUS_PER_TASK is set, use it to set OMP_NUM_THREADS
+    if [ -n "''${SLURM_CPUS_PER_TASK-}" ]; then
+      export OMP_NUM_THREADS=$SLURM_CPUS_PER_TASK
     fi
 
     exec "$@"

local/pkgs/vasp/nvidia/default.nix

@@ -57,10 +57,11 @@ let
     module use ${nvhpc}/share/nvhpc/modulefiles
     module load nvhpc
 
-    # if SLURM_CPUS_PER_TASK and SLURM_THREADS_PER_CPU are set, use them to set OMP_NUM_THREADS
-    if [ -n "''${SLURM_CPUS_PER_TASK-}" ] && [ -n "''${SLURM_THREADS_PER_CPU-}" ]; then
-      export OMP_NUM_THREADS=$(( SLURM_CPUS_PER_TASK * SLURM_THREADS_PER_CPU ))
+    # if SLURM_CPUS_PER_TASK is set, use it to set OMP_NUM_THREADS
+    if [ -n "''${SLURM_CPUS_PER_TASK-}" ]; then
+      export OMP_NUM_THREADS=$SLURM_CPUS_PER_TASK
     fi
+
     exec "$@"
   '';
   runEnv = version: buildFHSEnv