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82f41d070c
@ -3,33 +3,34 @@
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## 基本概念
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队列系统换成了 slurm。这是个正经的队列系统(不像之前那样是临时手搓的),可靠性应该会好很多。
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hpc 上用的是 PBS,和这个不一样,但很多概念是相通的,例如队列、节点等(当然这里只有一个队列和一个节点)。
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学校的 hpc 上用的是 PBS,和这个不一样,但很多概念是相通的,例如队列、节点等(当然这里只有一个队列和一个节点)。
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这里简单记录一下如何使用。更多内容,网上随便搜一下 slurm 的教程就可以找到很多介绍,也可以看官网文档。
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先说明一下机器的硬件配置:16 个核,每个核 2 线程,也就是总共 32 个线程。
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先说明一下机器的硬件配置:CPU 有 16 个核,每个核 2 线程,也就是总共 32 个线程。
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slurm 限制 CPU 按照核(而不是线程)分配,
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之后的 `sbatch` 命令中的 `cpu` 或者 `core` (它俩是同义词)都是指核的数量而不是线程数
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(实际运行的线程数要乘以 2)。
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提交任务时, `sbatch` 命令中的 `cpu` 或者 `core` (它俩是同义词)都是指核的数量而不是线程数
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(也就是说,实际运行的线程数要再乘以 2)。
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VASP 支持两个层面的并行,一个叫 MPI,一个叫 OpenMP,实际运行的线程数是两者的乘积。
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MPI 并行的数量等于提交任务时指定的 task 的数量,
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MPI 并行的数量就是提交任务时指定的 task 的数量,
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OpenMP 并行的数量等于提交任务时指定的分配给每个 task 的 CPU 的数量再乘以 2,
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也就是最终的线程数等于指定的 CPU 数量乘以 2。
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此外还有一个限制:当使用 GPU 时,MPI 并行的数量必须等于 GPU 的数量,否则 VASP 会在开头报个警告然后只用 CPU 计算。
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此外还有一个限制:当使用 GPU 时,MPI 并行的数量必须等于 GPU 的数量,否则 VASP 会在开头报个警告然后只用 CPU 计算(但不会报错)。
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## 常用命令
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提交一个 VASP GPU 任务的例子:
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```bash
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sbatch --gpus=1 --job-name="my great job" vasp-nvidia-6.4.0 mpirun vasp-std
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sbatch --gpus=1 --ntasks-per-gpu=1 --job-name="my great job" vasp-nvidia-6.4.0 mpirun vasp-std
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```
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* `--gpus=1` 指定使用一个 GPU(排到这个任务时哪个空闲就使用哪个)。
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可以指定具体使用哪个GPU,例如 `--gpus=4090:1`。
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可以简写为 `-G`。
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* `--ntasks-per-gpu=1` 是一定要写的。
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* `--job-name=` 指定任务的名字。可以简写为 `-J`。也可以不指定。
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* 默认情况下,一个 GPU 会搭配一个 CPU 核(两个线程),一般不用修改。
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* 默认情况下,一个 task 会搭配分配一个 CPU 核(两个线程),一般不用修改。如果一定要修改,用 `--cpus-per-task`。
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提交一个 VASP CPU 任务的例子:
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@ -41,58 +42,13 @@ sbatch --ntasks=2 --cpus-per-task=2 --job-name="my great job" vasp-gnu-6.4.0 mpi
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可以简写为 `-n`。
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* `--cpus-per-task=2` 指定每个 task 使用的 CPU 核的数量,OpenMP 并行的数量等于这个数再乘以 2。
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```bash
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# 提交一个新任务,默认会占用队列中的全部资源(包括GPU和CPU),一般不要这样干
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sbatch all_resources_is_mine.sh
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# 提交一个新任务,但是礼让后面的任务(推迟到指定时间再开始排队)
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sbatch --begin=16:00 my_great_job.sh
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sbatch --begin=now+1hour my_great_job.sh
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# 使用别的工作目录
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sbatch --chdir=/path/to/your/workdir my_great_job.sh
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# 指定备注
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sbatch --comment="my great job" my_great_job.sh
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# 提交 GPU 任务时,指定每个 GPU 配几个 CPU 核(不需要再设置 cpus-per-task)
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sbatch --cpus-per-gpu=2 my_gpu_job.sh
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# 每个 task 使用多少 CPU 核
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sbatch --cpus-per-task=4 my_great_job.sh
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# 指定任务的 ddl,算不完就杀掉
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sbatch --deadline=now+1hour my_great_job.sh
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# 标准错误输出写到别的文件里
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sbatch --error=error.log my_great_job.sh
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# 将一些环境变量传递给任务(=ALL是默认行为)
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sbatch --export=ALL,MY_ENV_VAR=my_value my_great_job.sh
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# 不传递现在的环境变量
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sbatch --export=NONE my_great_job.sh
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# 打开一个文件作为标准输入
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--input=
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-J, --job-name
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--mail-type=NONE, BEGIN, END, FAIL, REQUEUE, ALL
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--mail-user
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--mem=20G
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--mem-per-cpu or --mem-per-gpu
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不会真的限制
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-n, --ntasks
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--ntasks-per-core
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--ntasks-per-gpu
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--ntasks-per-node
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--open-mode={append|truncate}
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-o, --output=<filename_pattern>
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# 不排队,直接跑(超额分配)
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-s, --oversubscribe
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# --priority
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--wrap=
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scontrol top job_id
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```
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## 列出已经提交的任务
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要列出已经提交(包括已经完成、取消、失败)的任务:
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```bash
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squeue
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# 如果想列出更多信息
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squeue -t all -l
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```
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## 取消任务
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取消一个任务:
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```bash
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# 按任务的 id 取消
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@ -101,4 +57,43 @@ scancel 114514
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scancel -n my_great_job
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# 取消一个用户的所有任务
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scancel -u chn
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```
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```
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要将自己已经提交的一个任务优先级提到最高(只是自己已经提交任务的最高,不影响别人的任务):
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```bash
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scontrol top job_id
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```
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## sbatch 的更多参数
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```bash
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# 提交一个新任务,但是礼让后面的任务(推迟到指定时间再开始排队)
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--begin=16:00 --begin=now+1hour
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# 指定工作目录
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--chdir=/path/to/your/workdir
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# 指定备注
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--comment="my great job"
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# 指定任务的 ddl,算不完就杀掉
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--deadline=now+1hour
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# 标准错误输出写到别的文件里
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--error=error.log
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# 将一些环境变量传递给任务(=ALL是默认行为)
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--export=ALL,MY_ENV_VAR=my_value
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# 不传递现在的环境变量
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--export=NONE
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# 打开一个文件作为标准输入
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--input=
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# 发生一些事件(任务完成等)时发邮件
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--mail-type=NONE,BEGIN,END,FAIL,REQUEUE,ALL --mail-user=chn@chn.moe
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# 要求分配内存(不会真的限制内存使用,只是在分配资源时会考虑)
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--mem=20G --mem-per-cpu --mem-per-gpu
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# 输出文件是否覆盖
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--open-mode={append|truncate}
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# 指定输出文件
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-o, --output=<filename_pattern>
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# 不排队,直接跑(超额分配)
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-s, --oversubscribe
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||||
# 包裹一个二进制程序
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--wrap=
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||||
```
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